Implementace bude probíhat prostřednictvím Implementačních plánů, které sumarizují jednotlivé cíle a záměry, jimiž se budou naplňovat cíle programu „Digitální Česko“. Na nejvyšší (první) úrovni se koncepce programu Digitální Česko skládá ze 3 pilířů (dílčích koncepcí). Na druhé úrovni každý pilíř obsahuje několik „hlavních cílů“. Na třetí se pak každý hlavní cíl rozpadá na několik „dílčích cílů“, jejichž rozpracování je součástí jednotlivých dílčích koncepcí. Pro vlastní implementační plánování je jako další rozpadovou úroveň definován „záměr“. Každý dílčí cíl bude realizován jedním nebo více záměry. Záměr reprezentuje měřitelný výstup, který naplňuje úplně nebo částečně jeden nebo více dílčích cílů. Obvyklým způsobem realizace záměru je projekt, ale může se jednat i o dílčí program (podprogram) s více projekty, nebo jen seskupení/sadu úkolů. Implementační plán hlavního cíle je seskupením všech záměrů vázaných na všechny dílčí cíle, doplněných o nezbytné analytické podklady (dle povahy záměrů). Na druhé straně mohou některé implementační plány seskupovat záměry k dílčím cílům do průřezových programů za účelem společného řízení. Implementační plán obsahuje všechny známé záměry až do konce časového horizontu programu a seskupuje je podle jejich realizovatelnosti do tří období: aktuální období (krátkodobé záměry), připravované rozpočtové období (střednědobé záměry) a výhled do konce horizontu (dlouhodobé záměry). Tím jsou tyto implementační plány ve své části de facto akčními plány. Přepokládá se, že vzhledem k dynamice vývoje a inovací v oblasti digitalizace budou, za dobu časového horizontu programu DČ tyto implementační plány několikrát aktualizovány jako podklad pro přípravu odpovídajících oblastí státního rozpočtu. Změny implementačních plánů budou vždy schváleny vládou ČR. Odpovědnost za realizaci nesou gestoři jednotlivých záměrů.