Národní program HIV/AIDS se opírá o následující principy a zásady: 1. Komplexní přístup integrující aktivity v oblasti prevence, diagnostiky, léčby, péče o osoby žijící s HIV/AIDS založený na partnerství a široké spolupráci všech složek veřejné správy a občanské společnosti na místní, regionální, národní a mezinárodní úrovni; 2. Mezinárodní spolupráci a partnerství v souladu se strategií Společného programu OSN pro boj proti AIDS (UNAIDS) a globální zdravotnickou strategii WHO zaměřenou na HIV/AIDS v období 2016–2021, Deklarací závazků OSN z roku 2001, s politickým prohlášením OSN o HIV/AIDS z roku 2016, zásadami „Dublinské deklarace“ o partnerství v boji proti HIV/AIDS v Evropě a Střední Asii z roku 2004; 3. Odborná doporučení mezinárodních organizací v oblasti veřejného zdraví, jako jsou Evropské středisko pro prevenci a kontrolu nemocí (ECDC), Světová zdravotnická organizace (WHO), Společný program OSN pro boj proti AIDS (UNAIDS), Evropská klinická společnost pro AIDS (EACS) a další odborná doporučení a informace založené na důkazech. 4. Aktivní zapojení občanské společnosti, nestátních neziskových organizací (NNO)/pacientských organizací včetně zástupců skupin s vyšším rizikem infekce HIV a osob žijících s HIV/AIDS do tvorby strategie, implementace a vyhodnocení Národního programu HIV/AIDS; 5. Dlouhodobé komplexní plánování v souladu se současným stavem vědeckého poznání o HIV/AIDS; 6. Výsledky biologické, epidemiologické a behaviorální surveillance infekce HIV a jejich vyhodnocení s upřednostňováním prokazatelně účinných postupů boje proti infekci HIV, zejména směrem ke skupinám s vyšším rizikem infekce HIV; 7. Respektování lidské důstojnosti, důvěrnosti osobních informací, rovnosti mužů a žen, ochrany lidských práv a svobod, včetně boje s diskriminací a stigmatizací sexuálních menšin, etnických menšin, vězňů, injekčních uživatelů drog, osob poskytujících sexuální služby za úplatu a osob žijících s HIV/AIDS; 8. Centrální koordinaci a optimální rozložení odpovědnosti mezi orgány státní správy a jiné instituce, efektivní alokace zdrojů a racionální financování aktivit pro řešení problematiky HIV/AIDS s cílem minimalizovat riziko negativních zdravotních, sociálních a ekonomických dopadů infekce HIV. 9. Koordinaci postupů v prevenci infekce HIV a v prevenci jiných onemocnění s obdobným způsobem přenosu, zejména pohlavně přenosných infekcí a virových hepatitid, a dále v prevenci rizikového chování. Hlavní cíl: Snížení počtu nových případů infekce HIV v populaci ČR vzhledem k údajům za rok 2016 do roku 2022 o 25 %.