Hlavním cílem Programu je prostřednictvím výstupů a dopadů z podpořených projektů přispět ve střednědobém i dlouhodobém horizontu ke zlepšování zdraví české populace a pokračovat v zabezpečení aktuálních potřeb ve zdravotnictví v České republice. V rámci podpořených projektů bude dosaženo nových poznatků, které přispějí ke zlepšení klinických postupů v diagnostice, léčbě a prevenci při řešení nejčastějších, ale i vzácných nebo zcela nových onemocnění. Cílem Programu je také přispět k tomu, aby úroveň zdravotnického výzkumu v České republice byla srovnatelná s vyspělými státy Evropské unie. Program má tři hlavní oblasti: Vznik a rozvoj chorob; Nové diagnostické a terapeutické metody a Epidemiologie a prevence nejzávažnějších chorob, které se dále dělí na 21 podoblastí a 43 dílčích cílů. Specifické cíle charakterizují jednotlivé podoblasti. Tematické vymezení Programu je plně v souladu a vychází z Národních priorit orientovaného výzkumu, experimentálního vývoje a inovací, resp. z Priority 5: Zdravá populace a dále z Národní strategie pro vzácná onemocnění na léta 2010-2020. Poskytovatel upřesní požadavky na odborné zaměření návrhů projektů, tj. i charakteristiku jednotlivých cílů v zadávacích dokumentacích zveřejněných při vyhlášení jednotlivých veřejných soutěží. V rámci Programu jsou naplánovány celkem 4 veřejné soutěže s tím, že první soutěž bude vyhlášena již v roce 2019 se zahájením poskytování podpory v roce 2020. Celkové výdaje za dobu trvání Programu v letech 2020 až 2026 se předpokládají ve výši 6 050 mil. Kč, z toho 5 500 mil. Kč z výdajů státního rozpočtu na výzkum, vývoj a inovace, přičemž financování Programu bude realizováno podle možností státního rozpočtu. Program je členěn na dva podprogramy, kdy kritériem pro rozdělení je věk řešitelů. Podprogram 2 je zaměřen na podporu mladých výzkumníků do 35 let. Bližší podmínky k oběma podprogramům budou uvedeny v zadávacích dokumentacích k jednotlivým veřejným soutěžím. Program je podle článku 108 odst. 3 Smlouvy o fungování Evropské unie vyňat z oznamovací povinnosti, neboť splňuje podmínky nařízení Komise. Nejvyšší povolená intenzita podpory na jeden projekt může být v souladu se zákonem č. 130/2002 Sb. a nařízením Komise pro projekty, jichž se účastní pouze výzkumné organizace, až 100 % celkových uznaných nákladů, a to na nehospodářské činnosti výzkumných organizací dle bodu 19 a následující Rámce pro státní podporu výzkumu, vývoje a inovací. Pro projekty, jichž se účastní podniky, budou nejvyšší povolené intenzity podpory pro aplikovaný výzkum a jednotlivé kategorie příjemců a dalších účastníků posuzovány podle článku 25, odst. 5 a 6 nařízení Komise.