Realizace stanovených opatření probíhá vzhledem k vysoce meziresortnímu a mezioborovému charakteru v rámci příslušných úřadů a resortů dle jejich gescí, a to v souladu se zákonem č. 2/1969 Sb., o zřízení ministerstev a jiných ústředních orgánů státní správy ČR. V rámci řídicí struktury strategie funguje Řídicí a koordinační výbor, který plní rolí hlavního orgánu pro řízení, koordinaci a monitorování implementace strategie a který minimálně jednou ročně projednává aktuální stav a posun v plnění jednotlivých opatření, případné návrhy změn implementačních plánů v rámci jednotlivých klíčových oblastí či návrhy změn samotné strategie. Financování klíčových oblastí a jednotlivých opatření je realizováno prostřednictvím rozpočtových zdrojů ČR (státní rozpočet) a EU (finanční prostředky EU v přímém, nepřímém a sdíleném řízení). V neposlední řadě však k naplnění cílů strategie přispívají i soukromé zdroje samotných podniků, ať už ve formě spolufinancování státní podpory, dále při realizaci některé z plánovaných aktivit bez využití státní podpory či aktivizaci soukromých investorů. Kontrola naplňování obsahu strategie je založena na pravidelném monitoringu a vyhodnocování. Počínaje rokem 2022 je každoročně zpracována Výroční zpráva o implementaci Strategie podpory MSP v ČR pro období 2021–2027, která představuje souhrnnou zprávu o realizaci této strategie a zároveň informuje o vývoji malého a středního podnikání v ČR, a to v souladu se zákonem č. 47/2002 Sb., o podpoře malého a středního podnikání. Tato zpráva podléhá schválení vládou ČR a následně je předkládána Poslanecké sněmovně Parlamentu ČR.